Amabas librerias trabajan con $() pero cada una le da una utilidad y significado distinto. Para poder trabajar con ambas librerias al mismo tiempo, se puede modificar el $() por el nombre de la funcion que quieras, por ejemplo $jq().

Código de jQuery antes:

// Map over the $ in case of overwrite
 
if ( window.$ )
 
var _$ = window.$;
 
// Map the jQuery namespace to the '$' one
 
window.$ = jQuery;

por:

Código de jQuery después:

// Map over the $ in case of overwrite
if ( window.$jq)
var _$ = window.$jq;
// Map the jQuery namespace to the '$' one
window.$jq= jQuery;

y luego lo usas como $jq() en vez de como $(), este ultimo quedara el $() de Prototype.

Sites: Prototype, jQuery.